この記事は、先の記事のつつきとなります。
とりあえず、速やかな対策として、Sphinxのオリジナルなepubテンプレートにクイックハックをしてみました。epubテンプレートはbasicテンプレートの派生なので、basicテンプレートからlayout.htmlをコピーして、xlayout.htmlとして、この中で、header生成を書き換え、書き換えたxalyout.htmlを継承するようにしています。
この私家版改修型、テーマはgithubに置いておきました。 https://github.com/naoyaikeda/kindle-epub-template になります。