Prophetでcovid-19の入院治療を要する人数を予測する

Fri, 10 Jul 2020 18:58:20 +0900

Prophetを使用したサンプルとして、厚生労働省のオープンデータを使用して、入院治療等を要する人数を予測してみました。

%matplotlib inline
import urllib
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from fbprophet import Prophet

cases_total_req = urllib.request.urlopen('https://www.mhlw.go.jp/content/cases_total.csv')

cases_total_df = pd.read_csv(cases_total_req)

cases_total_df['ds'] = pd.to_datetime(cases_total_df['日付']).dt.date
cases_total_df['y'] = cases_total_df['入院治療を要する者']

cases_total_df['y'].plot()

<matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot at 0x1648a3d9c88>

model = Prophet()

model.fit(cases_total_df)

INFO:fbprophet:Disabling yearly seasonality. Run prophet with yearly_seasonality=True to override this.
INFO:fbprophet:Disabling daily seasonality. Run prophet with daily_seasonality=True to override this.





<fbprophet.forecaster.Prophet at 0x1648a8297c8>

future = model.make_future_dataframe(periods=365)

forecast = model.predict(future)

model.plot(forecast)

ProphetをWindows上のAnacondaにインストールする

Thu, 26 Dec 2019 00:00:00 +0900

前提条件としてはpipを使わないことを前提としています。condaとpipの混合はどう考えても安全性に乏しいので可能な限りcondaだけでいく前提です。

仮想環境の作成

conda create -n prophet_env python=3.7

仮想環境の利用開始

conda activate prophet_env

libpythonとm2w64-toolchainパッケージのインストール

conda install libpython
conda install -c msys2 m2w64-toolchain

パッケージのインストール

conda install numpy cython matplotlib pandas
conda install -c conda-forge fbprophet

pystanのテスト

import pystan
model_code = 'parameters {real y;} model {y ~ normal(0,1);}'
model = pystan.StanModel(model_code=model_code)
y = model.sampling(n_jobs=1).extract()['y']
print(y.mean())

Prophet on Grayrecord Technow Blog

Prophetでcovid-19の入院治療を要する人数を予測する

ProphetをWindows上のAnacondaにインストールする

仮想環境の作成

仮想環境の利用開始

libpythonとm2w64-toolchainパッケージのインストール

パッケージのインストール

pystanのテスト